Fondazione e sviluppo
La città di Megara Iblea non ebbe vita facile. Essa abbracciava uno stretto lembo di territorio, confinante ad ovest con le popolazioni sicule, con le quali mantenne buoni rapporti, ma minacciato a nord e a sud rispettivamente dalle colonie calcidesi e da Siracusa, con le quali invece furono frequenti i contrasti. Era naturale, quindi, che i Megaresi cercassero uno sbocco a questa situazione e pensassero a fondare una nuova colonia. Non riuscendo a trovare terre nella parte sud-orientale dell'isola, dominata da Siracusa, si diressero verso la parte occidentale, dove, presso la foce del Modione (l'antico Selinos), fondarono una colonia che chiamarono Selinunte, in un'area occupata da genti sicane ed elime. Il nome della città ricalca quello del fiume, e probabilmente entrambi derivano dal termine greco selinon, l'apio, pianticella erbacea che cresceva spontanea nella vallata e che divenne anche l'emblema della città, come attestano le monete che ne riproducono le foglie.
Una data incerta
La spedizione dei coloni megaresi era guidata dall'ecista Pammilo, che veniva, con un contingente di coloni, da Megara Nisea, la madrepatria greca. Pammilo si diresse a Megara Iblea e qui, raccolto un altro contingente di Megaresi sicelioti, formò una grossa comitiva di coloni che approdò nella nuova terra nel 628-627 a.C. secondo Tucidide. Questa data contrasta, almeno apparentemente, con quella tramandata da Diodoro Siculo, secondo il quale Selinunte fu fondata nel 650 a.C. Oggi si tende a rivalutare la datazione alta di Diodoro; la differenza fra le due, comunque, è esigua, poco più di un ventennio, e potrebbe riferirsi a due momenti diversi: il 650 ai primi contatti dei Megaresi col territorio e alla fondazione di un primo emporio commerciale, il 628 alla più consistente immigrazione e alla fondazione vera e propria della città. È risaputo, comunque, che la colonizzazione di Selinunte non si concluse in un periodo ristretto, ma che immigrazioni successive di coloni megaresi si ebbero sia negli ultimi decenni del VII sia per tutto il VI secolo, fino agli inizi del V.
Le origini megaresi
L'origine megarese di Selinunte, oltre che dalle fonti storiografiche antiche, ci viene confermata anche dai culti selinuntini e dalla lingua greca, ricca di inflessioni dialettali megaresi, che si legge nelle epigrafi trovate. Ben presto, però, altri elementi etnici e culturali si inserirono nel tessuto megarese della colonia: rodii, dorici al seguito dello spartano Eurileone (che divenne anche tiranno della città). Con i nuovi elementi etnici si diffusero anche nuovi culti, come quelli dorici di Phobos e soprattutto di Eracle, alle cui leggende si ispirarono gli artisti che scolpirono le metope dei templi selinuntini.
Una città tra due fiumi
La città, fondata intorno alla metà o nella seconda metà del VII secolo e ampliata nel VI per assorbire la continua immigrazione, sorgeva su un pianoro elevato circa 30 metri sul livello del mare, delimitato ad ovest dal Modione e ad est da un corso d'acqua di minore portata, il Cottone, alla cui foce era situato il porto della città. Nella parte sud del pianoro, quella sporgente sul mare, fu costruita l'acropoli con la zona sacra; oltre le mura dell'acropoli, nella parte nord del pianoro, detto della Manuzza, sorse poco dopo il centro urbano, esteso su una superficie di oltre 20 ettari, capace di ospitare alcune decine di migliaia di abitanti. Ad est e ad ovest della città si trovavano due aree sacre: ad est del Cottone, nella pianura di Marinella, furono costruiti i più grandiosi templi di Selinunte; ad ovest del Modione sorsero vari santuari, di cui il più famoso e antico era quello consacrato alla Malophoros (Demetra).
La campagna attorno a Selinunte, solcata dai due corsi d'acqua, era cosparsa di paludi che costituivano un pericolo per l'igiene pubblica, tanto che nel V secolo i Selinuntini fecero venire da Agrigento il medico, fisico e filosofo Empedocle, che realizzò opportune opere di bonifica. Nonostante questa minaccia naturale, Selinunte conobbe nel VI e nel V secolo un notevole sviluppo demografico, urbanistico ed economico.
Lo scontro decisivo e il dominio punico
Selinunte ebbe numerosi e forti contrasti con Segesta fino al 409 a.C., anno della sua distruzione avvenuta ad opera dei Cartaginesi, intervenuti proprio a sostegno di Segesta. Selinunte si trovò così sottomessa al dominio punico, che la fortificò e la ricostruì nell'area dove prima sorgeva l'acropoli: i resti archeologici presentano infatti un abitato misto, punico e greco. Il dominio cartaginese durò fino alla I guerra punica, quando Cartagine, per concentrare le sue forze a Lilibeo contro Roma, trasferì la popolazione di Selinunte, distruggendone definitivamente la città.