L'Acropoli è posta sulla collina fra il Modione (l'antico Selinon) e il Cottone, dove era situato il porto della città. Si sviluppa "a reticolo" lungo due arterie principali (larghe 9 metri) che si intersecano. Recentemente, si è desunto che le abitazioni civili posteriori al 409 a.C., erano piccoli edifici con porta sulla strada e prospetto lungo da 4 a 9 metri.

Intorno all'Acropoli, si snodano le fortificazioni a blocchi squadrati (VI e V sec.), a più riprese restaurate: lo sviluppo delle mura era interrotto da torri (5 già individuate), da porte in corrispondenza delle estremità delle arterie principali (nord, est ed ovest) e da postierle. Rinforzata appare la Porta Nord.

Sulla collina dell'Acropoli, sono stati rinvenuti i resti di cinque templi di ordine dorico.