Il Tempio C, dedicato ad Apollo, periptero esastilo, lungo 63,70 metri e largo 24 metri; la cella, di 41,53 x 10,40 metri, era preceduta da un pronao chiuso e terminava con l'adito; dinanzi al pronao stavano quattro colonne in linea con quelle della facciata.

Il tempio presenta caratteristiche particolari nelle colonne (6 x 17): le quattro angolari hanno diametri maggiori rispetto alle altre, le scanalature variano da 16 a 20 ed è variabile anche l'intercolumnio; esse, inoltre, sono prive di entasi e sono realizzate alcune a tamburi ed altre a monolito.

Nel 1823 furono scoperti, in frantumi, le tre metope raffiguranti la Quadriga del sole, l'Uccisione della Medusa da parte di Perseo, Eracle che ha catturato i Cercopi, le quali sono state ricomposte al Museo Archeologico Regionale di Palermo, insieme ad un'enorme maschera della Gorgone, in terracotta policroma.

All'interno del tempio C vi sono numerosi sigilli di età punica. Nello spiazzo del tempio, si trova un altare e, parallelamente alla muraglia, un portico dorico di 57 x 2,80 metri.