E' stato notato che nelle città siceliote la diversità delle divinità, la volontà di sottolineare i loro caratteri specifici o le loro personalità non si possono spiegare solo in chiave religiosa o culturale, ma esprimono la volontà di fissare in un maniera spettacolare i diritti di un potere politico e il simbolo di una irreversibile proprietà. Come le strutture sociali e le loro espressioni politiche sono più accentuate e differenziate in una colonia, allo stesso modo vengono prescelti fra i culti della metropoli quelli più atti a garantire la migliore protezione della nuova città e quelli più rispondenti alla sua situazione. La dimostrazione di una forza tranquilla e sicura di se‚ è la condizione stessa dei culti locali. A Selinunte, colonia fondata dai Megaresi di Sicilia rinforzati da un gruppo di Megaresi di Grecia, i culti provano indiscutibilmente i legami con Megara Nisea e, al di là di essa, con Argo, capostipite di Megara Nisea. La religiosità di Selinunte, ricca di edifici e di spazi sacri, si alimentava di devozione al pantheon ctonio-preolimpico e a quello canonizzato dai teologi di Pythò (= Delfo). Questo duplice filone religioso-culturale greco in Selinunte (come nella Sicilia siceliota, in genere) si può spiegare col fatto che le città siceliote vennero fondate in un'epoca (VIII-VII secolo a.C.) in cui la forma classica della religione panellenica non esisteva ancora e forse neanche nella Grecia stessa erano diffusi i poemi omerici e esiodei, che tanto contribuirono all'unificazione della ideologia religiosa ellenica; tant'è che nelle città siceliote c'era il culto del fondatore, e la cronologia "ab urbe condita" vi precedette quella secondo le Olimpiadi. Ma successivamente, per via dei contatti, dovettero passare dalla Grecia nelle città siceliote creazioni religiose più recenti e i connotati del pantheon selinuntino dovettero assimilarsi, almeno con la massima approssimazione, a quelli del pantheon ellenico. E' certo che questo era già amalgamato nella sua forma classica quando (secoli VI e V a.C.) nella nostra polis venne realizzata l'architettura templare più monumentale. E' del resto documentato che Selinunte ebbe rapporti con i santuari panellenici di Delfi e di Olimpia. Una religiosità, insomma, quella di Selinunte, che da un lato teneva saldi i vincoli col mondo greco e dall'altro si sentiva tutelata dai numi patri in una situazione di delicato equilibrio tra Sicani, Elimi e Cartaginesi, da cui i Selinuntini traevano stimolo e profitto. Pure vero è che i Selinuntini (come i Sicelioti, in genere) talvolta affiancarono i propri culti a quelle manifestazioni della religiosità indigena che potevano presentare analogia e affinità e rispondevano a comuni esigenze esistenziali; ma furono prevalentemente i Greci che si sovrapposero alla religione (come alla cultura) locale; e se accolsero elementi locali, li trasformarono. Il pantheon selinuntino ci noto attraverso "la gran de iscrizione degli dei", la quale accompagnava un ex voto in oro, consacrato dai Selinuntini a ringraziamento per una vittoria conseguita (certamente nel sec. V a.C.) su un popolo non indicato. Nella iscrizione sono citati nel l'ordine: Zeus, Fobo, Eràcle, Apollo, Poseidone, i Tindarìdi, Atena, Malophoros, Pasikràteia. Dieci divinità. E c'è chi ha supposto che all'enumerazione degli dei corrisponda l'ordine topografico dei templi. Vero è che il numero dei templi selinuntini (anche a non tener conto degli edifici sacri minori) indicati, com'è noto, con lettere maiuscole del nostro alfabeto, potrebbe ad abundantiam dare conforto a tale ipotesi; ma è anche vero che qualche attribuzione avanzata con qualche buona fondatezza chiama in causa qualche divinità non compresa nella nota iscrizione (è il caso, per esempio, di Era); oppure, per contro, si propende, almeno sulla base degli attuali dati archeologici, a negare l'attribuzione di un qualsiasi edificio sacro a qualcuna delle divinità sopra ricordate (è il caso di Fobo e dei Tindarìdi, per esempio). E l' importanza precipua del culto di Zeus è documentata dalla sua presenza in questa colonia già fin nei primi tempi della sua esistenza e dall'esservi stato venerato con triplice connotato. Come Zeus Meilìkhios (= benigno), gli venne riservato un recinto, i cui resti si notano nella parte NE del santuario della Malophòros, che risale alla fine del VII o all'inizio del sec. VI a.C., e la arcaicità del recinto è attestata da depositi votivi seppelliti nella sabbia accanto all'altare e segnalati da stele senza nessuna lavo razione. Che poi questo Zeus fosse considerato secondo la religione preolimpica, come dio dell'oltretomba , si può evincere dalla scelta di questo luogo periferico per il suo culto, a sottolineare il rapporto colla necropoli che si estendeva a NO (ora detta di Manicalunga  Timpone Nero). Lo Zeus citato per primo nella grande iscrizione e al quale soprattutto  i Selinuntini attestano la loro devota gratitudine, dovett'essere quello Olimpio. Si sostiene recentemente: il più grande dei templi (qual'è appunto il tempio G, nel quale peraltro l'iscrizione venne rinvenuta) alla maggiore delle divinità olimpiche, tenuto conto che questo tempio venne costruito in epoca classica (sec. V a.C.) e quindi in clima di religiosità classica panellenica. Infine, secondo le fonti storiche, anche come Agoràios (protettore dell'assemblea) Zeus venne venerato dai Selinuntini, che gli dedicarono un altare (non ancora individuato, che probabilmente si trovava nella città esterna), presso il quale il popolo massacrò il tiranno aristocratico Eurileonte, che vi s'era rifugiato. Fobo (= Terrore): grande dev'essere lo scompiglio da lui seminato fra i nemici sgominati dai Selinuntini e la con seguente riconoscenza attestatagli da questi ultimi. Il culto di Eracle a Selinunte denota la volontà della colonia megarese di sottolineare la filiazione di alcuni culti religiosi in rapporto a quelli della metropoli e nel con tempo la sua volontà di affannarsi di fronte alla stessa. Fra tali culti quello di Eracle venne prescelto come uno dei più atti a garantire la migliore protezione alla nuova città e più rispondenti alla situazione. Così si spiega che un dio forte e conquistatore come Eracle occupò nel pantheon di Selinunte un posto privilegiato. Per giustificare la sua espansione verso l'alta valle del Belìce, Selinunte vi fece sorgere un santuario dedicato ad Eracle, dove dovett'essere venerata la sua immagine di dio eroe. E in virtù della sua natura divina Eracle penetrò nella zona occidentale della Sicilia, dove prese possesso nel cuore del territorio punico della cittadella di Erice, assimilando il culto di Melkart. Il ruolo politico di Eracle e dei suoi santuari nella penetrazione selinuntina nell'occidente dell'isola è confermato anche dall'abbondanza di monete coniate con la sua effige nella nostra città e in quelle ellenizzate di questa stessa parte dell'isola. Il culto selinuntino di Eracle, l'eroe della stirpe dorica, documentata altresì dalle sue espressioni iconografiche nelle metope di Selinunte, prova indiscutibilmente, come s'è detto, i legami con Megara di Grecia e, al di là di essa, con Argo, capostipite di Megara Nisea: infatti l'Eracle di Selinunte era venerato (come ad Argo) come dio ed eroe, nato da Alcmena e Zeus; ma nel contempo era ricollegato, per l'apporto cretopeloponnesiaco, all'Eracle di Creta, quello della lotta contro il toro del ratto d'Europa raffigurato in una delle più antiche metope selinuntine; e così si spiega che tracce dei Cretesi si trovavano in Sicilia, e particolarmente vicino a Eraclea Minoa, sottocolonia di Selinunte, dove Minosse, re di Creta, morì e fu seppellito; il nome stesso di Eraclea Minoa condensava la fusione delle due correnti, argiva e cretese. Anche col culto di Era (non menzionata nella grande iscrizione, ma rappresentata nelle metope del suo tempio, il c.d. E) i Selinuntini si rifecero alla tradizione argiva (il suo tempio più famoso sorgeva presso Argo già nell'età eroica), associata anch'essa al periplo cretopeloponnesiaco. I santuari consacrati ad Era sorgevano generalmente fuori dello spazio urbano delle città siceliote, perché‚ questa divinità proteggeva la città e segnava la presa di possesso di un territorio. Così è accertato che fin dalla nascita della nostra colonia un "Heràion" (E 1) sorse sulla collina orientale, appunto fuori dello spazio della città, nella stessa arca dove oggi si vede l'Heràion esternamente ricostruito (E2); attorno all'ubicazione primitiva di questo santuario furono edificati in un secondo tempo il tempio di Atena (F) e quel lo di Zeus (G). La costruzione di questo Herion era significativa e sirnbolica, in quanto Era appariva come la dea protettrice dei Greci di Selinunte contro Afrodite, protettrice dei Troiani, dai quali gli Elimi di Segesta vantavano la loro discendenza; e si sa come uno dei motivi centrali della storia di Selinunte fosse la sua rivalità con Segesta. I Dori sin dai tempi più antichi celebravano nel nome di Apollo la loro unità, forse un Apollo guerriero. Ma l'Apollo di Selinunte è assai probabilmente quello ionico (anche gli Ioni rinnovavano periodicamente a Delo la loro unità nel culto di Apollo), come è documentato da una delle metope più antiche della nostra polis, quella dove il dio è accompagnato (Triade delfica) da Leto e da Artemide,che erano al suo fianco quando oltrepassò l'Egeo e conquistò Delfi, seguendolo fino in Sicilia'. Tale metopa e le dediche ad Apollo rinvenute intorno al tempio C permettono di affermare che questo tempio era dedicato ad Apollo Archegetes, cioè protettore della città (come era protettore di Megara Nisea). Era l'Apollo guerriero? Ma la presenza dell'àdyton nel tempio C può significare altresì che l'Apollo cicladico fu trasformato nell'Apollo pitico, cioè oracolare, in seguito all'estensione dell'influenza delfica nel mondo coloniale e al ruolo che il santuario pitico riuscì a imporre a posteriori nella colonia di Selinunte; in tal modo i Selinuntini vollero esprimere la loro gratitudine per l'appoggio e l'aiuto che richiedevano a Delfi. Il culto di Apollo assunse cosi una funzione prevalentemente oracolare, esigendo appunto un tempio ad àdyton. Se, poi, ad Apollo era dedicato, come fu per moltot empo opinione prevalente, il tempio G doveva essere senza dubbio Apollo pitico , mentre l'Apollo Archegetes regnava sull'acropoli (tempio C). Sentiti risultano i legami etico-religiosi di Selinunte col santuario pitico; tant'è che fra i sottoscrittori del tempio di Apollo in Delfi appare, ancora per l'anno 363 a.C., una Aiskhùlis selinuntina per due dram me. A Poseidone venne, verosimilmente, dedicato agli inizi della vita della colonia quell'altare peloponnesiaco all'aperto, le cui vestigia si notano ancor oggi a SE del tempio C. Lo fa supporre il fatto che il sacerdote, officiando sul più alto dei tre gradini del lato nord, doveva volgerela fronte al mare, regno di Poseidone appunto. Dei Tindaridi (Castore e Polluce, figli di Zeus e di Leda)solo la nuda menzione dell'iscrizione. Del secondo dei duefratelli divini il nome è adombrato nella denominazione "Terra di li Pulichi" data in epoca medioevale alla zona selinuntina e variamente interpretata.
Sta di fatto che fino al secolo passato venivano chiamati "Terra di Polluce", "Mare di Polluce", "Strada di Polluce"
rispettivamente la zona selinuntina, il suo mare, la via Selinunte-Castelvetrano. Ad Atena viene attribuito, sulla base delle metope che ne provengono, il tempio F. Alla dea Malophòros (= Apportatrice di frutti) venne dedicato un santuario ad ovest della città, in contrada Gaggera, oltre il fiume Selinos-Modione; questo santuario succedette ad un luogo di culto indigeno, che gli scavi hanno caratterizzato dalla presenza di focolari ed offerte, per una divinità personificante l'energia vitale riposta nella terra fruttifera, e quindi somigliante alla Malophòros. Probabile è che il culto della Malophòros fosse stato impiantato la prima volta che i Megaresi di Nisea (in epoca micenea) erano venuti a Gaggera, e potrebbe esserne testimonianza quel primo megaron, sul quale risulta essere stato eretto il secondo megaron, del quale restano consistenti vestigia. Certo è però che la Malophòros era greca, perché i coloni greci interpretavano il segno della presenza di una divinità straniera in termini teologici ellenici e non la facevano mai propria e perchè il culto della Malophòros era presente nel pantheon di Megara Nisea, dove, secondo Plutarco, le era dedicato un megaron; infine perchè il materiale rinvenuto a Gaggera dimostra che il culto di questa dea risale alla fine del VII o all'inizio del VI secolo a.C., cioè al momento in cui i coloni sembrano, secondo recenti scavi, avere occupato la zona del porto alla foce del fiume. Vero è che cronologicamente la Malophòros selinuntina appartiene al pantheon preolimpico, nel quale i grandi numi non avevano ancora caratteri distintivi ben definiti; ma non si può escludere che essa fosse la stessa Malophòros venerata a Megara Nisea, ancora secondo il Plutarco, come Malophòros venerata a Megara Nisea, ancora secondo Plutarco, come Malophòros Demeter. Infine, che la Malophòros selinuntina fosse la Demeter come madre terra e dea delle biade, si può non escluderlo: infatti il culto di Demeter dovett'essere diffuso nelle città siceliote (non anche a Selinunte?), perchè, secondo Diedero, questa città avrebbe dato alla Sicilia il dono del grano prima che ad Atene, e le città siceliote credevano che il loro culto demetriaco fosse più antico che in Grecia; infine perché‚ nel suo culto le era qui a Selinunte associata (come a Megara Nisea) la figlia Kore o Persefone , come è testimoniato da una delle più antiche metope rinvenute nel 1968 da Vincenzo Tusa. Per le ragioni dette, e perché la Demetra e Kore, divinità associate ai riti della fecondità, assimilarono anche elementi punici, e perché il santuario selinuntino era fuori dello spazio urbano, il santuario stesso dovette costituire un luogo di contatto con altre popolazioni e perciò è stato definito "pansicano". Col culto di Demetra e Kore, dietro la quotidiana naturalezza della fede contadina e la magnifica ostentazione delle feste e dei misteri, l'aristocrazia selinuntina riusciva a sopire i contrasti derivanti dall'ineguale partecipazione allo sfruttamento di quella terra che, tutelata dalle due dee nei suoi ritmi stagionali, costituiva la prima e fondamentale forma di ricchezza di questa polis. Grandi busti fittili raffiguranti, in genere, Demetra e Kore venivano offerti  nei santuari sicelioti e sono documentati in maggior parte dal V al IV secolo a.C., ma alcuni possono risalire alla fine del sec. VI a.C.. Gli esemplari più degni provengono da questo santuario della Malophòros. La festa in onore di Demetra si celebrava nel tempo in cui cominciavano le seminagioni e durava ben dieci giorni; si faceva baccano ed era lecito lanciare motti e lazzi osceni. Probabilmente in origine le facezie, i lazzi e l'allegria della festa riflettevano la potente tendenza naturale alla riproduzione della specie; ed è ipotizzabile che anche a Selinunte, al pari che in Siracusa, nelle Tesmoforie si solessero fare focacce di sesamo e miele in forma di pubi femminili dette in tutta l'isola "myllòi", e che si portassero in giro in onore delle dee. Erano le Tesmoforie feste democratiche e popolari, cui partecipava tutta la popolazione del territorio. Rapporto con le necropoli dovette avere anche il culto di Ecate, divinità lunare e ctonia, praticato (come risulta da un'iscrizione rinvenutavi) in un recinto di forma quadrata, i cui resti si notano nell'angolo SE del santuario della Malophòros. (Un altro tempio, edificato in prossimità, a nord, di questo santuario, il tempio M, non s'è potuto stabilire a quale divinità fosse consacrato). La Pasikràteia (= Signora di tutti), nominata nell'iscrizione, comunemente ritenuta Persefone, potrebb'essere Afrodite (suo il tempio D?). Queste due dee nell'antichità devono aver avuto fisionomia simili e funzioni affini. Inoltre, i Greci ravvisavano lineamenti dell'Afrodite greca in dee sicane e sicule. Se la Pasikràteia è Afrodite, questa doveva essere considerata  secondo la tradizione preolimpica  come dea della fecondità, maternità, legame con la vegetazione; ma non sarebbe da escludere che anche l'Afrodite come dea della bellezza e del sesso avesse il suo culto a Selinunte, se, come taluni suppongono, anche qui (come ad Erice) c'era la prostituzione sacra. La monetazione di Selinunte, infine, fornisce una prova illuminante dell'importanza che vi ebbero i culti dei fiumi (Selinòs e Hypsas); il che dimostra chiaramente la volontà e la necessità per la nuova colonia di impadronirsi di alcuni territori attaversati da quei fiumi vitali per il suo sviluppo.